Najczęściej jednak w trakcie prac komisji, dochodziło do konfliktów pomiędzy wsią i dworem. Punktem zapalnym była sama idea wykupu praw, która nie podobała się chłopom oraz szacunki techniczne, wymiar i wartość praw, a także proponowane kwoty pieniężne lub powierzchnie lasów jako odszkodowanie za zniesione serwituty. Niezadowoleni chłopi bez względu na zniesienie służebności, próbowali czasem siłą realizować dawne prawa. Dochodziło wówczas do aktów dewastacji i kradzieży drewna. Gminy niezadowolone z orzeczeń komisji masowo składały odwołania od wyroków lwowskich organów do Ministerstwa Spraw Wewnętrznych w Wiedniu i dworu cesarskiego. Większość odwołań nie przynosiła jednak pożądanego efektu. Ostatnią możliwością było złożenie odwołania do samego cesarza. Masowo kierowano prośby do Franciszka Józefa I, których charakter podkreślał wyraźnie mit dobrego cesarza – obrońcy chłopów.